在成本加百分比合同下，承包商的费用计算方式为：

解析

在成本加百分比合同中，承包商按实际成本获得报销，并赚取相当于这些成本约定百分比的费用，因此成本越高费用越高，业主承担大部分成本风险。事先议定的固定金额属于「成本加固定费用」型，业主正是用它来限制这一风险敞口。支付给业主代表的小时工资是一项可报销成本，不是承包商的费用。逾期每日扣除的金额是违约金，与费用如何计算无关。